Trong tự nhiên, nấm có mối liên hệ cộng sinh với rễ của cây trồng và được gọi là nấm rễ (mycorrhizal). Nấm ngoại cộng sinh (ectomycorrhizal) là một loại nấm rễ, sợi nấm bao quanh rễ dinh dưỡng chưa hóa gỗ, không xuyên qua mô tế bào mà chỉ kéo dài giữa các vách tế bào. Có khoảng 20000 đến 25000 loài nấm ngoại cộng sinh đã được ghi nhận (Rinaldi và cộng sự, 2008), trong đó có hơn 1000 loài nấm ngoại cộng sinh ăn được (Hall và cộng sự, 2011), đây là nguồn thực phẩm và nguồn thương mại quan trọng, hiện nay nguồn tài nguyên này mới chỉ được khám phá một phần. Nấm cộng sinh ăn được là nguồn thực phẩm cao cấp có giá trị về dinh dưỡng, dược liệu và hương vị với thị trường hằng năm lên tới vài tỷ USD (Zambonelli và Bonito, 2012). Ngoài ra, một số loài nấm còn có giá trị văn hóa truyền thống như nấm cục (truffle, Tuber spp.) ở Châu Âu, nấm Matsutake (Tricholoma matsutake) ở Nhật Bản và Hàn Quốc.